上海是中国近现代医学的发源地。在近现代历史上，上海一直是中国的医学中心，深邃的医学人文气息在城市变迁中铭刻印记，深远的医学历史传承在时代变革中书写传奇。作为全国最早开埠城市之一的远东大都市，上海在开埠后开设了一大批早期的西式医院。据同济大学建筑与城市规划学院华霞虹教授统计，从1844年第一所教会医院创办直至1949年新中国建立，曾有300多家医院在上海诞生。
1904年，上海士绅李平书在南市三泰码头积谷仓公地（今多稼路1号）创建了“上海医院”，不仅是中国人在上海最早创办的中西医并治的综合性医院，而且是上海近代中西医学交汇的起点。李平书（1854年-1927年），原名李安曾，又名李钟珏，号瑟斋，祖籍苏州吴县（今苏州市吴中区）。早年就读于龙门书院（今上海中学前身之一），优贡出身，历任中国通商银行总董、招商局董事、江苏铁路局董事、江南制造局提调、上海城厢内外总工程局总董、江南制造局总理、沪军都督府民政总长、江苏都督府民政长等职。李平书是中国近代著名的社会活动家，一生坚持爱国民主，锐意改革，造福乡梓，为上海市政建设发展作出了杰出贡献。
上海医院自创建后，坚持对“病者分等留医，中西并治，颇著成效”，并对贫苦患者提供免费施诊服务，广受社会各界好评。1916年4月，上海医院收归国有，改名为“公立上海医院”，此后经历多次更名。1934年，更名为“市立上海医院”。1937年，因院名同江湾新建的“上海市立医院”不易区分，更名为“市立沪南医院”。1938年，更名为“第二伤兵救护医院”。1939年，更名为“国际红十字会防痨协会上海医院”。1941年，更名为“市立南市医院”。
上海医院具有悠久而光荣的历史传统，抗战时期邹韬奋在上海医院得到过掩护和救治。1943年初，著名爱国人士邹韬奋因患癌症，化名季晋卿来沪治疗，秘密住进上海医院。邹韬奋（1895年—1944年），本名邹恩润，祖籍江西鹰潭，是中国现代史上伟大的爱国者、卓越的文化战士、杰出的出版家和新闻记者。2009年邹韬奋被评为100位为新中国成立作出突出贡献的英雄模范之一。以邹韬奋的名字命名的“韬奋新闻奖”、“韬奋出版奖”是中国新闻出版界个人成就最高奖，“韬奋精神”已经成为中国新闻出版事业的一面旗帜。
上海医院曾耀仲院长冒着危险，将邹韬奋收进上海医院的特等病房，亲自为他治疗和护理，并采取严格的保密措施，使他躲过日伪特务的搜捕。邹韬奋在病床前撰写《患难余生记》，直至1944年7月24日离世。邹韬奋病逝后，为避免被日伪特务发现，由曾耀仲签发的《死亡证明》上写着“病人季晋卿死于肺炎”，巧妙地躲避过日伪特务的搜查，将邹韬奋遗体保存下来。当时全院三、四十名医务人员无人知晓“季晋卿”底细。
曾耀仲（1895年—1974年），江苏常熟人，我国著名医学家。早年赴德奥深造，1924年回沪行医。曾任上海医院内科主任、院长，是上海市第二人民医院首任院长。抗战时期，曾耀仲拒绝汪伪势力接管上海医院的企图。新中国建立后，曾耀仲主持上海医院改制，推动成立“上海市第二人民医院”，历任上海市人大代表、南市区副区长等职。
抗战胜利后，上海医院更名为“市立第二医院”。1949年新中国建立后，上海医院正式更名为“上海市第二人民医院”，先后获国家级“全国百佳医院”、“全国规范服务十佳示范医院”等荣誉称号。2018年，为加强区域“医联体”的建设，上海市第二人民医院、黄浦区中心医院、黄浦区传染病医院、黄浦区妇幼保健院，整合组建为“上海交通大学医学院附属第九人民医院黄浦分院”。2025年，为推动区属公立医院能级提升，全力打造高质量区域医疗中心，“上海交通大学医学院附属第九人民医院黄浦分院”正式恢复“上海市第二人民医院”冠名。如今的上海市第二人民医院，是上海市二级甲等综合医院。