20世纪60年代，随着崇明岛的开发，申崇航线全年客运量突破100万人次。大客流的出现，使原有的小排量营运客轮显得捉襟见肘。申崇之间急需一种全新的客轮。
20世纪60年代末，位于川沙的东沟船厂克服重重困难，建造了一种新型双体客轮。它总长50.8米、总型宽17.2米，满载量为2600人，可抗8级强风，续航能力150小时。1970年9月27日，首艘双体客轮正式投入运营。此后“沪航9～11号”相继建成投运，双体客轮也当仁不让成申崇航路的主力船型。80年代初期，已有4艘1500客位双体客轮航行于申崇之间。80年代中期，两地来往客流逐步减少，原有的双体客轮被新建的小型双体客轮替代。1988年，500客位的双体客轮“沪航1号”建成并投入申崇线运营，原有的1500客位双体客轮开始逐渐退出历史舞台。双体客轮在江海之间的风浪中穿行，被船体剪开的浪花翻腾奔涌，坐在宽敞的客舱内，轻微的摇摆，让人不由自主产生“不管风吹雨打，胜似闲庭信步”的感觉。船是舒服了，但买票却又成为让人头疼的事。往来申崇的人数源源不断地增加，申崇航线“僧多粥少”的窘境一时难以改观。当年，很多市民都有在市区及吴淞口的售票窗口彻夜排队的经历。
常年在江海中航行的老水手都明白，就算是最先进的船舶，也是要“看天吃饭”的。由于长江口所在地域的气候特征，台风和大雾是申崇航线最大的气象挑战。台风的应对相对简单，只需提前靠港停航等待，但是浓雾的袭来却有着很大的不确定性。据一些市民回忆，当年坐船去崇明，时常会有这样的经历：航行中遇雾，为了船只和乘客的绝对安全，最稳妥的处置就是抛锚停船，静候风起雾散，有时一停就是数小时甚至十几个小时。漫长的等待使得船上小卖部变得人头攒动，很快货架上所有食品都会被购买一空。
直到改革开放后，上海市区与崇明间商旅往来对缩短陆岛交通时间的要求日益迫切，各种新型船种不断出现。如今，桥隧也已贯通。