爱国学社是清末中国教育会创办的进步学校。中国教育会于1902年4月由蔡元培、乌目山僧等人发起成立，蔡元培为会长。蔡元培认为欲造就共和的国民，必须先有共和的教育；要有共和的教育，一定得先成立具有共和性质的教育会。因而中国教育会表面上是兴学办教，其实暗中鼓吹反清革命。
同年秋，南洋公学因无理开除学生激起退学风潮。11月26日，中国教育会为接纳离校学生，借上海南京路泥城桥福源里房屋创建爱国学社，以蔡元培为学校总理（校长），吴敬恒为学监，黄炎培、蒋智由、蒋维乔等为义务教员。这所学校分寻常、高等两级及启蒙班，课程有国文、史地、理化、英文、体育等，实行学生自治。在此就读的学生不用交学费，教职人员都不取报酬。
爱国学社以灌输民主主义思想为己任，重视精神教育，表现出反对清王朝和帝国主义的革命倾向，成为一所当时很有影响的资产阶级革命学校。对于蔡元培而言，这也是他投身资产阶级民主革命的一次实践。蔡元培认为，清朝政治不良，国势日蹙，“有如人之罹重病，恐其淹久而至于不可救药，必觅良方以治之”。他的良方，便是革命。在他看来，革命在当时最好的体现形式是教育救国，培养革命之人才。
因此，爱国学社成立的宗旨便落在了培养革命人才上。《爱国学社章程》第一条明确提出其办学宗旨：“本社略师日本吉田氏松下讲社、西乡氏鹿儿私学之意，重精神教育。而所授各科学，皆为锻炼精神、激发士气之助”，以造就培养具有“独立自尊之气节，舍己为群之公德”的共和国民。为更好地培养革命人才，实现办学目标，学校的管理者还在课程设置上有意识地增加与革命直接相关的内容。1903年，应蔡元培之邀，章炳麟到爱国学社任教，撰《驳康有为论革命书》，倡言民族民主革命。
当时，爱国学社的学务由学生联合会自治，出版《学生世界》杂志，并为《苏报》撰稿，又常以“国民公会”名义在张园集会演说，宣传资产阶级民主革命思想。6月，“《苏报》案”发生，中国教育会重要成员章炳麟被捕，蔡元培等离开上海，爱国学社被迫解散。